ちょっと前に作った apply-command っていうAtom用の拡張があるんですけど、機能としてもっとポテンシャルはありそうなのに更新が止まってるので残念
(自分で作らないと新しいバージョンは出ない)(残念ながら当然)
https://atom.io/packages/apply-command