gitのマージ失敗時の処理はぐぐるとなぜか git reset 系の手元で変更してるファイルがある怠惰な人間にはとても危険なコマンドが出てくるのですけど、
私としましてはいったんコンフリクトしてるファイルを全部 git add 後 git commit してマージは完了させてしまった後でマージ前のリビジョンをチェックアウトして元いたブランチを消して戻った位置にブランチを作成しなおすのを推奨します。