私の鯖のcronはこんな感じです。
MAILTO=root
10 4,17 * * * /bin/bash -l -c 'cd /home/mastodon/live && RAILS_ENV=production bundle exec rake mastodon:feeds:clear'
15 4,17 * * * /bin/bash -l -c 'cd /home/mastodon/live && RAILS_ENV=production bundle exec rake mastodon:media:clear'
20 4,17 * * * /bin/bash -l -c 'cd /home/mastodon/live && RAILS_ENV=production bundle exec rake mastodon:users:clear'
25 4,17 * * * /bin/bash -l -c 'cd /home/mastodon/live && RAILS_ENV=production bundle exec rake mastodon:push:refresh'
ちなみに mastodonユーザのcrontabに設定しています。
