Let's Encrypt http->https のリダイレクトしてて失敗とか .well-knownをMastodonへ向けたらLet's Encryptが.well-known使えなくて失敗とかありそうですよ
Let's Encrypt が使うのは http の /.well-known/acme-challenge/ の下でまあいろいろ出来ると思いますけど私は面倒だったのでpublicの下に直接certbotに書いてもらっています。
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