Let's Encrypt が使うのは http の /.well-known/acme-challenge/ の下でまあいろいろ出来ると思いますけど私は面倒だったのでpublicの下に直接certbotに書いてもらっています。
httpの.well-knownをリダイレクトしない設定はProducion-Guideにひっそりと追加されていたりします。 ("Useful for Let's Encrypt" のコメントがある部分) https://github.com/tootsuite/documentation/blob/master/Running-Mastodon/Production-guide.md#user-content-nginx
じさばどん